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発掘された土器やその他の遺物を通して京都の歴史に触れる

794（延暦13）年に桓武天皇によって都が遷される以前から、京都には人々の生活があり、文化があった。市内の発掘調査により発見された各時代の考古資料を、考古学愛好家や児童、一般の方にもわかりやすく展示している。1階では、テーマを決めて展示する特別展示を年2回、市内の大学などとの合同企画展示を1回、そのほかに速報展や企画陳列などを開催。2階は常設展示室。平安時代に、生活の場など身近で使われた焼き物の変遷をたどる土器のパネルや、約1000点の考古資料を古墳時代・平安時代・桃山時代など時代ごとに展示したり、中国・朝鮮との交易品、平安宮の中心施設・豊楽殿跡出土品（重要文化財）、縄文時代の住居跡などを展示。また、大型のかめや土器の破片、寺院の瓦など実際に触れ、手にとって観察できるオープン展示も実施している。市の登録有形文化財である建物は、1914（大正3）年建設の旧西陣織物館で、貴重なレトロ建築としても注目されている。